Det er ikke så lett. Som sagt må serveren støtte java, i praksis skriver man programmet om til en Servlet og så kjører man Tomcat eller lignende programvare. Det finnes masse ressurser på nettet hvordan man skriver Servlets, ikke aktuelt at jeg repeterer det her.
Hvis programmet kjøres i cli og du har en webhost som lar deg kjøre programmer kan du selvfølgelig også laste opp din .jar og en JVM, og så starte disse to med
system() i PHP. Men det tror jeg neppe gir ønsket resultat.